Οι εκλογείς ψηφίζουν στα ίδια εκλογικά τμήματα με αυτά των εθνικών εκλογών της 25ης Ιανουαρίου 2015. Εξαίρεση αποτελούν όσοι ετεροδημότες ψηφίζουν στον τόπο διαμονής τους (κατόπιν αίτησής τους έως τις 30 Απριλίου 2015), καθώς αντί για τα ειδικά εκλογικά τμήματα, την Κυριακή θα πρέπει να προσέλθουν στο εκλογικό τμήμα της περιοχής τους.

Εξαιτίας των ασφυκτικών χρονικών περιθωρίων δεν κατέστη δυνατό να συμμετάσχουν οι ομογενείς. Για πρώτη φορά θα κληθούν να ψηφίσουν 108.371 18άρηδες. 

Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να μάθουν σε ποιο εκλογικό τμήμα ψηφίζουν συμπληρώνοντας τα στοιχεία τους στην εφαρμογή «Μάθε που ψηφίζεις». 
Εναλλακτικά, σχετικές πληροφορίες παρέχει το ίδιο υπουργείο στο τηλέφωνο 213 1361500 έως το κλείσιμο της κάλπης.

Η εκλογική διαδικασία θα πραγματοποιηθεί με τις ίδιες εφορευτικές επιτροπές και τους ίδιους δικαστικούς αντιπροσώπους και εφόρους, όπως είχαν ορισθεί για τις εθνικές εκλογές του Ιανουαρίου. Για τον περιορισμό των εξόδων, εν μέσω μάλιστα δύσκολης οικονομικής συγκυρίας, δωρεάν θα είναι το Σαββατοκύριακο η διέλευση από τα διόδια των αυτοκινητόδρομων (και της γέφυρας Ρίου - Αντιρρίου), όπως και την Κυριακή στην Αττική Οδό. Επίσης, εκπτώσεις στις τιμές των εισιτηρίων τους παρέχουν η ΤΡΑΙΝΟΣΕ, τα ΚΤΕΛ και η Aegean Airlines. 

Οι κάλπες ανοίγουν στις 07:00 το πρωί και κλείνουν στις 7 το βράδυ. Η άσκηση του εκλογικού δικαιώματος γίνεται με την επίδειξη της αστυνομικής ταυτότητας ή του διαβατηρίου ή της άδειας οδήγησης ή του ατομικού βιβλιαρίου υγείας όλων των ασφαλιστικών ταμείων. Αποδεκτά είναι και τυχόν «κομμένα» δελτία αστυνομικής ταυτότητας και διαβατήρια που έχει λήξει η ισχύς του.

Το δημοψήφισμα θα διεξαχθεί με βάση τους εκλογικούς καταλόγους, όπως αυτοί οριστικοποιήθηκαν μετά τη Β΄ αναθεώρηση έτους 2015 και περιλαμβάνουν όλες τις μεταβολές που συντελέστηκαν μέχρι και την 30η Απριλίου 2015. Επίσης, θα χρησιμοποιηθούν και οι ειδικοί εκλογικοί κατάλογοι και καταστάσεις για ορισμένες κατηγορίες εκλογέων (στρατιωτικών, ναυτικών, και ανδρών φρουράς εκλογικών τμημάτων, καθώς και κρατουμένων στα καταστήματα κράτησης).

Εκλογείς που δεν περιλαμβάνονται για οποιαδήποτε άλλη αιτία στους εκλογικούς καταλόγους, χωρίς να έχουν αποστερηθεί του εκλογικού τους δικαιώματος, μπορούν να ασκήσουν το εκλογικό τους δικαίωμα μέχρι το τέλος της ψηφοφορίας σε οποιοδήποτε εκλογικό τμήμα του Δήμου στα δημοτολόγια ή Μητρώα Αρρένων του οποίου είναι εγγεγραμμένοι.

Οι πολίτες µε αναπηρία ή σωματική αδυναμία ψηφίζουν πάντοτε µε απόλυτη προτεραιότητα, ενώ οι αντιπρόσωποι της δικαστικής αρχής διευκολύνουν την προσέλευση και αποχώρησή τους.

Οι εκλογείς θα λάβουν δύο ψηφοδέλτια. Στο πρώτο αναγράφεται το ερώτημα του δημοψηφίσματος που είναι: «Πρέπει να γίνει αποδεκτό το σχέδιο συμφωνίας, το οποίο κατέθεσαν η Ευρωπαϊκή Επιτροπή, η Ευρωπαϊκή Κεντρική Τράπεζα και το Διεθνές Νομισματικό Ταμείο στο Eurogroup της 25.06.2015 και αποτελείται από δύο μέρη, τα οποία συγκροτούν την ενιαία πρότασή τους;» Το πρώτο έγγραφο τιτλοφορείται «Reforms for the completion of the Current Program and Beyond» («Μεταρρυθμίσεις για την ολοκλήρωση του τρέχοντος προγράμματος και πέραν αυτού») και το δεύτερο «Preliminary Debt sustainability analysis» («Προκαταρκτική ανάλυση βιωσιμότητας χρέους»). 

Παραπλεύρως, οι ψηφοφόροι θα επιλέξουν μία εκ των απαντήσεων: ΕΓΚΡΙΝΕΤΑΙ/ΝΑΙ ή
ΔΕΝ ΕΓΚΡΙΝΕΤΑΙ/ΟΧΙ  

Η επιλογή γίνεται με σταυρό είτε εντός του τετραγώνου που υπάρχει κάτω από τις απαντήσεις είτε αριστερά ή δεξιά από την απάντηση. Το δεύτερο ψηφοδέλτιο είναι το λευκό, ενώ ως τέτοιο θα λογίζεται και το πρώτο ψηφοδέλτιο εάν δεν φέρει σταυρό.

Για να είναι νόμιμο το δημοψήφισμα θα πρέπει να προσέλθει στις κάλπες τουλάχιστον το 40% του εκλογικού σώματος. Η συγκέντρωση και η μετάδοση των αποτελεσμάτων θα γίνει με τη συνδρομή της SingularLogic, ενώ για την αμεσότερη μετάδοση των αποτελεσμάτων θα αξιοποιηθούν και κινητά τηλέφωνα τα οποία θα έχουν οι δικαστικοί αντιπρόσωποι 4.800 εκλογικών τμημάτων. 

Λόγω της απλούστερης διαδικασίας σε σχέση με τις εκλογές, το τελικό αποτέλεσμα εκτιμάται ότι θα είναι γνωστό μία με δύο ώρες μετά το κλείσιμο της κάλπης δηλαδή περί τις 8 - 9 το βράδυ.